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检测水稻半矮杆基因sd-1等位基因用的CAPS标记

一、项目简介
本技术属于农业领域。本发明提供一种能以简单的方式快速、低成本地鉴定水稻半矮杆基因sd-1基因的等位基因的方法。目前水稻矮化育种中大规模运用的半矮秆基因位点为sd-1。常用的鉴定sd-1基因突变的方法为克隆测序,但该方法耗时长、花费大、操作复杂。本发明开发了可以快速鉴定水稻半矮杆基因sd-1第一和第三外显子上突变位点(sd-1j和sd-1r)的CAPS标记。首先利用PCR技术扩增sd-1j和sd-1r等位基因,再使用限制性内切酶AFIII来快速鉴定水稻半矮杆基因sd-1基因第一外显子编码第94位氨基酸的碱基是否存在突变,具体是G→T的突变(即鉴定sd-1j基因型),即水稻sd-1基因第一外显子编码第94位氨基酸的GGG突变成GTG;使用限制性内切酶Bsp1286I快速鉴定水稻半矮杆基因sd-1基因第三外显子编码第349位氨基酸的碱基是否存在突变,具体是G→C的突变(即鉴定sd-1r基因型),即水稻sd-1基因第三外显子编码第349位氨基酸的GAC突变成CAC。


二、专利摘要
本发明涉及检测水稻半矮杆基因sd?1等位基因用的CAPS标记。具体而言,本发明涉及选自SEQ ID NO:1-4所示的寡核苷酸序列。本发明还涉及限制性内切酶AFIII在鉴定水稻sd?1j基因型中的应用,以及限制性内切酶Bsp1286I在鉴定水稻sd?1r基因型中的应用。本发明能够以简单的方式快速地、低成本地鉴定水稻半矮杆基因sd?1基因的等位基因sd?1j和sd?1r。


三、专利状态
本技术已递交中国专利申请,申请号:201610156855.2 ,实质审查中;持有人项目编号:SIBS16-009。


四、持有单位
中科院上海生命科学研究院植物生理生态研究所。


五、合作方式
转让、许可或合作研发。


六、联系方式
任燕,renyan@sibs.ac.cn,021-54924289。

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